北京大學深圳醫院原名“深圳市中心醫院”，是深圳市政府投資4.5億元人民幣建成，并于1999年8月開業的現代化綜合性醫院。北京大學深圳醫院目前開放病床930張，2008年門診量210萬人次，出院病人3.6萬人次，收入9.3億元。近期，深圳市政府投資近7億元，新建外科樓和科教樓。醫院總建筑面積將達22.3萬m2，病床1200張。2009年9月26日，科教樓順利竣工并舉行移交儀式。2001年9月，深圳市與北京大學簽署協議，醫院更名“北京大學深圳醫院”和“北京大學深圳臨床醫學院”，納入北京大學醫院管理體系。醫院正式更名、掛牌。經過10年苦心經營，目前北京大學深圳醫院的總資產、凈資產是開業時的3倍，現代化醫療設備價值超過4億元。引進各級、各類人才1200多名，其中副主任醫師以上471名，博士學位117名，碩士學位390多名，有海外留學經歷81名，北京大學的及畢業生84名。北京大學深圳醫院開設臨床醫技科室52個，其中重點學科1個，省級重點實驗室1個，市級重點專科(實驗室)5個，院級重點學科4個。經國家人事部批準，醫院建立深圳市衛生系統首家博士后科研工作站。建立北京大學博士點3個，碩士點14個。10年來，醫院緊抓科學管理和改革創新兩條主線，在辦醫理念、院-校合作、健康產業、支持保障、領導體制、選人用人、制度建設、醫院文化等方面取得一定的創新和突破。