出血、呼吸道阻塞、感染、傷口裂開和瘺道形成。雖然明顯的出血并不多見,但往往需要再次進入手術室進行探查和止血。沒有大出血時罕見呼吸道阻塞,但一旦發生呼吸阻塞則可能致命。在復蘇室要對呼吸道進行嚴密的監測,只有情況穩定后才能將病兒轉移到病房。如果呼吸道較狹窄,應該在病房進行氧飽和度的監測,或者在ICU 病房進行監護。
腭瘺可以表現為無癥狀的洞隙,也可導致發音功能障礙或給牙齒保健帶來麻煩。
腭裂手術可能引起面部發育的紊亂。上頜的寬度減小、引起反咬合是唇腭裂病者常有的畸形。通常使用固定性上頜骨矯形支架進行上頜骨延長擴張來加以矯正。手術方案的選擇要根據臨床檢查、X光片、頭顱測量資料和牙齒模型來確定。需要進行術前正畸治療,以使牙弓整齊,消除牙列擁擠和牙列互補。然后進行上頜骨截骨推進(LeFort I型截骨)。由于腭部修復常導致瘢痕,較大幅度的推進通常要同時進行下頜骨截骨和回縮。為防止由于下頜骨發育,而導致錯位咬合的復發,手術應當推遲到青春期進行。